廣州市黃埔區(qū)學(xué)大道攬?jiān)侣窂V州企業(yè)孵化器B座402
電話：020-85625352
手機(jī)：18102256923、18102253682
Email：[email protected]
Fax：020-85625352
QQ：386244141
項(xiàng)目名稱：lncRNA建庫(kù)與分析流程
所屬分類：生物信息學(xué)分析
聯(lián)系電話：020-85625352
QQ：386244141
Email：[email protected]
技術(shù)服務(wù)描述
1. 建庫(kù)測(cè)序流程
1.1. Total RNA 樣品制備和檢測(cè)
(1)使用 NanoDrop 2000 分光光度計(jì)對(duì) RNA 樣品進(jìn)行初步定量；
(2)使用 Aglient 2100 對(duì) RNA 樣品濃度精確定量。 RNA 總量、濃度、完整性 （RIN 值，RNA Integrity Number）、純度（OD260/OD280 比 值）符合收樣立項(xiàng)標(biāo)準(zhǔn)后，進(jìn)入下一步的文庫(kù)構(gòu)建。
1.2. 文庫(kù)構(gòu)建和上機(jī)測(cè)序
1.2.1. 鏈特異性文庫(kù)
文庫(kù)構(gòu)建： 首先用試劑盒去除 rRNA， 將 RNA 打斷成短片段。以 RNA 為模板，用 六堿基隨機(jī)引物合成 first strand cDNA， 然后加入緩沖液、dNTPs（dUTP、dATP、dGTP 和 dCTP）和酶合成 second strand cDNA， 然后純化雙鏈 cDNA。純化的雙鏈 cDNA 先進(jìn)行末 端修復(fù)并連接測(cè)序接頭，然后進(jìn)行片段大小選擇。之后降解含有 U 堿基 的 cDNA 第二鏈， 最后進(jìn)行 PCR 富集， 純化 PCR 產(chǎn)物，得到最終的鏈特異性文庫(kù)。
圖 1.2.1 鏈特異性文庫(kù)構(gòu)建 Workflow
1.2.2. 上機(jī)測(cè)序
文庫(kù)構(gòu)建完成后，先使用 Qubit 2.0 進(jìn)行初步定量，隨后使用 Agilent 2100 對(duì)文庫(kù)的 insert size 進(jìn)行檢測(cè)，insert size 符合預(yù)期后，使用 qPCR 方法對(duì)文庫(kù)的有效濃度（>2 nM）進(jìn)行 準(zhǔn)確定量，以保證文庫(kù)質(zhì)量。庫(kù)檢合格后，進(jìn)行 PE125 或 PE150 測(cè)序。
2. 分析流程
