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1.3.4 LncRNA與蛋白RNP結(jié)合預(yù)測

長鏈非編碼RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平上調(diào)控基因表達中起著重要作用，能夠通過多種機制，包括遺傳印記、染色質(zhì)重塑、剪切調(diào)控、mRNA降解和翻譯調(diào)控確定lncRNAs的功能，探索lncRNAs的主要工具包括微陣列、RNA測序（RNA-seq）、Northern blotting、實時定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈式反應(yīng)（qRT-PCR），熒光原位雜交（FISH）、RNA干擾（RNAi）、RNA-結(jié)合蛋白質(zhì)免疫沉淀（RIP）、通過RNA純化進行染色質(zhì)分離（ChIRP）、交聯(lián)免疫沉淀（CLIP）和生物信息學(xué)預(yù)測等方法，LncRNA可與蛋白互作結(jié)合，調(diào)控基因的表達、轉(zhuǎn)錄、修飾等生物學(xué)過程

以下是我們對數(shù)據(jù)的整理，通過數(shù)據(jù)庫查詢分類、數(shù)據(jù)庫功能及用途、示例結(jié)合分析、數(shù)據(jù)庫優(yōu)化等這四大項，進行闡述和演示數(shù)據(jù)庫的查詢和使用，希望對您的實驗項目有所幫助

數(shù)據(jù)庫查詢分類

RPISeq ：http://pridb.gdcb.iastate.edu/RPISeq/

數(shù)據(jù)庫功能及用途：

RPISeq

數(shù)據(jù)庫功能：

Submit a protein sequence and an RNA sequence to predict the interaction probability.

實例分析：以蛋白AGO2和LncRNA H19為例

Interaction probabilities

Prediction using RF classifier      0.55

Prediction using SVM classifier     0.54

兩者數(shù)值均>0.5,表示預(yù)測會相互結(jié)合

數(shù)據(jù)庫優(yōu)化：

該網(wǎng)站可預(yù)測已知的蛋白和已知的RNA序列，通過RF值和SVM值，來評估RNA與蛋白的結(jié)合概率

• 1 . 生物信息學(xué)概述
• 2 . 生物信息學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫
• 3 . 轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)數(shù)據(jù)庫
• 4 . miRNA與mRNA結(jié)合預(yù)測
• 5 . LncRNA與miRNA結(jié)合預(yù)測
• 6 . LncRNA與蛋白RNP結(jié)合預(yù)測