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1.2. TF-Chip 與 Histone-Chip

1.2.1. TF Chip 研究的核心問題

??是什么調(diào)控了我們的基因？ 轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控了誰？本質(zhì)是蛋白質(zhì)對DNA的調(diào)控。此處"DNA"包括能夠翻譯成蛋白質(zhì)的蛋白編碼基因、能夠轉(zhuǎn)錄成lncRNA/circRNA/miRNA的基因。

TF（Transcription factor，轉(zhuǎn)錄因子）：

目前，兩種高通量實(shí)驗(yàn)和一種計算方法能夠解決這個調(diào)控的上游原因?qū)ふ覇栴}：

• Plan A：ChIP-seq，最直接，最有效

• Plan B：DNase-seq/ATAC-seq 或 RNA-seq，曲線救國； 與ChIP-seq整合分析更準(zhǔn)確

• Plan C：基于motif預(yù)測

??由于ChIP-seq的直接與有效性，我們此處著重介紹CHIP-seq方法：通過前期實(shí)驗(yàn)與建庫測序得到原始下機(jī)數(shù)據(jù)，隨后將CHIP實(shí)驗(yàn)交聯(lián)蛋白附近的DNA片段對比上基因組的顯著富集區(qū)域通過callPeak方式找出來，并對其進(jìn)行一系列分析。

1.2.2. Histone chip 研究的核心問題

Histone chip 的背景知識

• 組蛋白修飾(Histone Modifications)常見的類型都有哪些？不同的修飾類型的影響是什么？

  示例：

Histone chip 研究的核心是什么？

• 尋找組蛋白修飾對于我們基因調(diào)控的影響，尋找轉(zhuǎn)錄調(diào)控發(fā)生改變的根本原因。

Histone chip 整套流程可以告訴我們的什么信息？

• 基本內(nèi)容同上，不同在于結(jié)果的意義：在基因組上哪些區(qū)域可能發(fā)生了組蛋白修飾。

• 1 . ChIP-seq
  • 1.1. ChIP-seq可以告訴我們什么信息
  • 1.2. TF-chip與Histonechip
  • 1.3. superenhancer的分析
  • 1.4. 高級分析
• 2 . RNA-seq
  • 2.1. RNA-seq能告訴我們一些什么信息
  • 2.2. mRNA建庫，分析
  • 2.3. ncRNA seq
  • 2.4. go與kegg的意義與David網(wǎng)站