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DNA/RNA EMSA 凝膠電泳遷移實(shí)驗(yàn)
凝膠遷移或電泳遷移率實(shí)驗(yàn)（electrophoretic mobility shift assay，EMSA）是一種研究DNA/RNA結(jié)合蛋白和其相關(guān)的DNA/RNA結(jié)合序列相互作用的技術(shù)，可用于研究DNA/RNA結(jié)合蛋白和其相關(guān)的DNA/RNA結(jié)合序列相互作用、DNA/RNA定性和定量分析。生物素標(biāo)記的探針依研究的結(jié)合蛋白的不同，可是雙鏈或者是單鏈。
如上圖所示，DNA-復(fù)合物比非結(jié)合的探針移動(dòng)得慢；當(dāng)檢測(cè)DNA結(jié)合蛋白，可用純化蛋白、部分純化蛋白或核細(xì)胞抽提液；競(jìng)爭(zhēng)實(shí)驗(yàn)中采用含蛋白結(jié)合序列的DNA片段和寡核苷酸片段（特異）和其它非相關(guān)的片段（非特異），來(lái)確定DNA結(jié)合蛋白的特異性；在競(jìng)爭(zhēng)的特異和非特異片段的存在下，依據(jù)復(fù)合物的特點(diǎn)和強(qiáng)度來(lái)確定特異結(jié)合。
在EMSA實(shí)驗(yàn)過(guò)程中我們?cè)O(shè)置一系列的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)以確保每一步實(shí)驗(yàn)的真實(shí)有效，如DNA片段PCR擴(kuò)增跑膠圖、體外轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物跑膠圖。具體示例如下圖所示（DNA EMSA）：
EMSA探針跑膠檢測(cè)：
EMSA結(jié)果為凝膠電泳遷移圖，示例如下圖所示：
組別1為陰性對(duì)照；組別2中生物素標(biāo)記的檢測(cè)基因（LXRE2）與蛋白結(jié)合，出現(xiàn)條帶遷移；組別3中沒(méi)有標(biāo)記的基因（LXRE）競(jìng)爭(zhēng)性與蛋白結(jié)合，LXRE2條帶不遷移；組別4中對(duì)LXRE進(jìn)行突變，LXRE2條帶重新發(fā)生遷移。從實(shí)驗(yàn)結(jié)果可以明確LXRE2為與調(diào)控蛋白特異結(jié)合的位點(diǎn)。